Le génome de la tomate séquencé, une mine pour les chercheurs

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La tomate n'aura-t-elle bientôt plus à rougir de son goût? Fruit pour le botaniste, légume pour le cuisinier, elle vient de livrer le secret de son génome, une avancée qui ouvre de nouvelles perspectives pour les scientifiques et les semenciers.

Un consortium regroupant plus de 300 chercheurs de 14 pays, dont plusieurs pays européens, la France, les Etats-Unis, mais aussi la Chine et l'Inde, publie mercredi dans la revue Nature le séquençage du génome de la tomate, révélant l'ordre, les types et les positions de ses 35.000 gènes.

"Ce génome va être un génome de référence pour des espèces agronomiquement et donc économiquement très importantes", explique un des chercheurs, Mondher Bouzayen, directeur du Laboratoire Génomique et Biotechnologie des Fruits (Inra/Inp, Toulouse, France), citant l'aubergine, ou encore le piment.

Du point de vue de la recherche, "les scientifiques vont se régaler sur plusieurs sujets qu'ils ne pouvaient pas aborder de façon franche".

La tomate, qui en fait voir de toutes les couleurs au consommateur, "est de loin le fruit-légume qui connaît la plus forte progression au niveau mondial", analyse le chercheur.

Chaque année, les Français en dévorent 14 kg par personne, les Grecs 56 kg, et l'Asie l'a adoptée.

Le Consortium du Génome de la Tomate a réalisé un séquençage de haute qualité du génome de la tomate domestique (de la variété Heinz, utilisée pour les sauces et ketchup) ainsi qu'un séquençage "un peu plus rapide" du génome de son parent sauvage (Solanum pimpinellifolium). La différence entre les deux est de seulement 0,6%.

"On aurait pu séquencer n'importe quelle variété", précise le Pr Bouzayen. Les tomates peuvent paraître visuellement très différentes, mais partagent le même génome, à quelques infimes détails près.

Taille, forme, couleur, mais aussi saveur -goût et texture-, qualité nutritionnelle: autant de points auxquels le consommateur est sensible et qui sont gouvernés par les gènes. Les semenciers, et toute la filière de production, se préoccupent aussi de la capacité de résistance aux insectes nuisibles, à la sécheresse et aux maladies, ou encore de la conservation après récolte.

La connaissance du génome sera "une ressource essentielle pour comprendre comment tout cela fonctionne", comment les gènes sont orchestrés ensemble, explique le Pr Bouzayen.

Au-delà de la tomate, c'est toute la famille des Solanacées, première source alimentaire après les céréales, qui devrait tirer profit de cette avancée: poivron, piment, aubergine, mais aussi tabac ou encore pomme de terre...

Si le génome de la tomate montre plus de 8% de divergence avec celui de la pomme de terre, récemment séquencé, les deux plantes sont des "cousines germaines", relève le chercheur.

Comment expliquer qu'elles se ressemblent si peu? "Scientifiquement parlant, c'est sans doute la question la plus excitante", dit-il.

La tomate est aussi pour les scientifiques un "fruit modèle": "en gros, tout ce qu'on sait sur les fruits charnus (pomme, poire, fraise, mangue, etc.), on l'a appris sur la tomate", souligne le Pr Bouzayen.

Un réseau de recherche sur les fruits charnus, rassemblant 18 pays européens, qui doit être très prochainement lancé, essaiera ainsi de tirer un bénéfice du nouvel outil que constitue le séquençage de la tomate.

"On passe de la lunette de Galilée au télescope Hubble", résume le scientifique français.

La séquence du génome sera accessible sur le site de Solgenomics (http://solgenomics.net).



Sciences et Avenir 30/05/2012