Actualité, informations sur les caféiers

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Le génome du café a été séquencé

Parue ce 5 septembre dans Science, l'étude du génome du caféier montre une grande proximité avec l’espèce ancestrale de toutes les plantes à fleurs apparues il y a 120 à 150 millions d’années.

Caféier couvert de fruits. FCRebelo CC BY-SA 3.0

Les chercheurs de l’IRD, du CIRAD, du CNRS et de l’université de Buffalo, ont déterminé pour la première fois les séquences du génome des caféiers. Pour ce faire, les chercheurs ont travaillé sur une espèce possédant le moins complexe des patrimoines génétiques.

La variété de café robusta sélectionnée par l’IRD dans les années 80 pour la Côte d’Ivoire a été ainsi choisie parce que son génome a une taille moyenne de 710 millions de paires de bases, qu’elle a un caractère diploïde (c’est-à-dire qu’elle possède deux lots de chacun de ses 11 chromosomes) et qu’enfin ces deux lots sont identiques. La tâche aurait été autrement compliquée avec un café arabica à caractère tétraploïde (4 jeux de chromosomes) et hétérozygotes (aucun des chromosomes n’est identique).

Le résultat publié vendredi 5 septembre dans Science a permis de produire un catalogue de gènes de référence pour tous les caféiers, c’est-à-dire un patrimoine génétique commun. Ce catalogue a également permis de faire des comparaisons avec les autres familles de plantes à fleurs : "l’organisation du génome du caféier se révèle ainsi très proche de celle de l’espèce ancestrale dont dérive toutes les plantes à fleurs. Le caféier partage ce trait avec la vigne" détaille Philippe Lashermes, directeur de recherche à l’IRD et principal auteur de l’étude.

Le caféier robusta (Coffea canephora) est un arbuste de la famille des Rubiacées. Dbenbenn CC BY-SA 3.0

Ce travail confirme également que les plantes ayant un génome tétraploïde s’adaptent mieux aux conditions climatiques d’altitude que les diploïdes : "le robusta pousse en plaine à partir de 50 mètres d’altitude et supporte beaucoup moins les basses températures que l’arabica qui ne s’épanouit qu’entre 18 et 23°C et pousse donc à des altitudes supérieures" poursuit Philippe Lashermes.

Cette recherche fondamentale sur l’évolution des plantes et leurs multiples variations génétiques au cours des millions d’années va également déboucher sur des applications agronomiques. La détermination de gènes de résistance aux maladies et aux stress climatiques comme la sécheresse, ainsi que ceux responsables de la qualité des baies devrait déboucher –comme pour de nombreuses plantes cultivées - à une agriculture qui puisse se passer des pesticides et engrais tout en restant aussi productive.

Tous les jours, plus de 2,25 milliards de tasses de café sont consommées dans le monde. En 2013, 8,7 millions de tonnes de café ont été produites, soit la plus grosse récolte jamais réalisée, selon l’Organisation internationale du café. 40%  proviennent de l’Amérique du Sud, devant l’Asie-Océanie (30%). Le Brésil est le premier pays producteur, devant le Vietnam. Sur les 126 espèces répertoriées dans le monde, seules deux sont cultivées : Caffea arabica et Caffea canephora qui donne le robusta. 2/3 de la production est de l’arabica.

A noter :  Ces gènes sont différents des gènes liés à la caféine dans le chocolat, ce qui indique que la capacité à produire de la caféine a évolué au moins deux fois.


Sciences et avenir 5/9/2014

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Barva de Heredia (Costa Rica) (AFP) - "Jusqu'à récemment, je ne croyais pas beaucoup au changement climatique. Aujourd'hui, c'est clair": Adrian Hernandez, producteur de café au Costa Rica, a dû se battre pour sauver sa culture après une année de sécheresse historique.

"Jamais en 23 ans à la tête de cette exploitation nous n'avions eu un hiver sans pluie", raconte-t-il à l'AFP lors d'une visite de ses cinq hectares situés à une quinzaine de kilomètres au nord de San José, à Barva de Heredia.

 Le producteur de café Adrian Hernandez inspecte le 25 août 2015 ses plants de café dans son exploitation de la province d'Heredia, à 17 km au nord de San José, au Costa Rica (c) Afp

Certes, la sécheresse lui a permis d'éviter cette année la rouille du café, un champignon se développant durant les saisons humides et chaudes de plus en plus fréquentes ces derniers temps - autre signe du changement climatique - et qui, depuis trois ans, dévaste les caféiers d'Amérique centrale. Mais elle a failli provoquer un autre désastre car le manque d'eau nuit à la floraison des plants de café et donc à la récolte.

"Il est très difficile de rester en activité. Nous sommes passés d'un à trois traitements fongicides par an. Et s'il ne pleut pas, il faut payer de grosses factures pour de l'arrosage artificiel, ce qui revient à travailler à perte", souligne Adrian Hernandez, un sexagénaire à la chevelure poivre et sel.

Sur l'isthme centraméricain, baigné par les océans Atlantique et Pacifique, le changement climatique est synonyme d'épisodes météorologiques toujours plus extrêmes : dépressions, ouragans, pluies intenses et sécheresses s'enchaînent, affectant l'agriculture, explique la biologiste Rocio Cordoba, coordinatrice régionale de l'Unité des milieux vivants et du changement climatique de l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN).

"Nous observons des indices montrant que le climat est en train de changer. Auparavant, les paysans, quand ils semaient, le faisaient selon les mois de l'année. Cela n'existe plus désormais, les pluies de mai débutent plus tardivement et les périodes de canicule ne correspondent plus à celles auxquelles nous étions habitués", ajoute Mme Cordoba. Pour cette experte, le mot-clé est "adaptation". Et cela commence par une bonne gestion de l'eau.

Des milliers de producteurs d'Amérique centrale souffraient déjà des ravages de la rouille, apparue dans la région en 2012. Depuis cette date, 60% des plantations de la région ont été touchées, particulièrement sur la côte Pacifique. "Face à l'agressivité de la rouille et aujourd'hui de la sécheresse, beaucoup de caféiculteurs ont abandonné leurs exploitations", affirme Francisco Ayala, producteur dans les montagnes de Tecapa Chinameca, dans l'est du Salvador.

Dans un contexte de baisse des cours des grains - 1,21 dollar la livre en août, selon l'Organisation internationale du café (OIC) - les producteurs locaux, à l'origine d'environ 9% du café mondial selon l'OIC, ont le plus grand mal à faire les investissements nécessaires pour s'adapter aux nouvelles conditions climatiques.

Les gouvernements tentent d'apporter leur aide, financière et technique, pour soutenir un secteur qui emploie jusqu'à deux millions de personnes en Amérique centrale. "Cela aide, mais il faut comprendre que pour affronter le changement climatique, on doit mener les cultures de café de façon différente de ce qui a toujours été fait", insiste auprès de l'AFP l'ingénieur agricole Ricardo Rodriguez, de l'Institut du café du Costa Rica (Icafe).

Traitements, tailles, arrachages... "Il faut contrôler et renouveler les cultures pour avoir des plantes en conditions optimales de production, nous n'avons pas assez prêté attention à cela" jusqu'à présent, admet-il.

Adrian Hernandez dit l'avoir compris, raison pour laquelle il parvient encore à surmonter les difficultés. "Cette année, j'ai déjà appliqué deux fois des fongicides, presque trois, parce que c'est la seule façon de contrôler la rouille, mais en même temps, j'essaie d'autres variétés plus résistantes", poursuit-il.

Mais le renouvellement des plants de café est un processus lent et coûteux, que tous les producteurs ne pourront assumer, met en garde M. Rodriguez, qui en appelle aux gouvernement et aux organismes internationaux.


Sciences et avenir 29/9/2015

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Rio de Janeiro (awp/afp) - La récolte de café ^{(en portugais)} est attendue en baisse de 7% en un an au Brésil, premier producteur et exportateur mondial de la graine noire, essentiellement en raison de la sécheresse, a annoncé mardi le ministère de l'agriculture.

"Les facteurs climatiques se reflètent une fois de plus dans la production brésilienne de café, estimée à 42,15 millions de sacs (de 60kg) pour la récolte 2015, soit une baisse de 7% par rapport à la production 2014", indique le communiqué, qui précise que "les températures extrêmement élevées et des pluies inférieures à la moyenne ont affecté le développement végétatif des cultures".

Les chiffres se basent sur le troisième recensement de récolte de la Conab, Compagnie nationale d'approvisionnement. La récolte 2014 avait déjà connu une baisse de production de 7,7% par rapport à celle de 2013, déjà en raison de la sécheresse mais aussi de gelées dans certaines régions productrices.

Pour la récolte 2015, le volume de café récolté dans l'Etat de Espirito Santo enregistre une chute de 19%, tandis que la production du Minas Gerais présente une diminution de 3,5%. Ces deux régions fournissent les trois quarts du café du pays.

Le directeur de la politique agricole de la Conab, Joao Marcelo Intini, s'est dit préoccupé, d'après le communiqué, mais a rappelé que "cette culture réagit positivement et se rétablit bien dans des conditions favorables", citant l'exemple de la région du Parana, dont la production a plus que doublé en un an.

La production de café arabica pour 2015 est attendue à 31,3 millions de sacs (-3,1%) et celle de robusta à 10,9 millions de sacs (-16,7%), d'après le relevé de la Conab.


Romandie 30/9/2015

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La sévère sécheresse provoquée par le phénomène climatique El Niño préoccupe les caféiculteurs du Nariño, département des Andes colombiennes. La région est le berceau de l'un des meilleurs cafés au monde.

"Nous risquons de perdre la récolte. Nous sommes tous désespérés, nous les paysans", a expliqué Raul Fajardo, producteur de café à La Tola, près d'El Tambo. Le cultivateur oeuvre à 1800 mètres d'altitude sur les flancs du volcan Galeras, dans le nord du Nariño. 

 Homme récoltant du café dans la région du Triangle du café. Maria del Pilar Ruiz Flickr / ccby-sa2.0

Raul Fajardo cultive quatre hectares de café, certifié d'origine. L'air inquiet, il surveille sa plantation. Le manque d'eau "stresse" les plantes, qui ont fleuri plus que de coutume. Elles pourraient donc donner une récolte exceptionnelle de ce grain si apprécié pour sa douceur et son arôme. Encore faudrait-il qu'il pleuve.

"Cela fait six mois que cela dure et les pronostics en annoncent cinq de plus. Cela va nous tuer", souligne cet homme à la peau tannée par le soleil tropical.

Comme tous les caféiculteurs du Nariño, il est fier de produire "le meilleur café de Colombie". "Nous bénéficions de plus d'heures d'ensoleillement grâce auquel la concentration de sucre dans le grain est plus élevée", précise un cultivateur voisin, Eduardo Salas. Mais les conditions climatiques compliquent de plus en plus la tâche des caféiculteurs. La Colombie est confrontée à une forte sécheresse. 

Selon les autorités, ce phénomène devrait s'aggraver à partir de décembre. Il devrait durer jusqu'en juin, à cause d'El Niño, qui provoque un réchauffement des eaux de l'océan Pacifique équatorial.


Romandie 1/11/2015